Управлінням КЗ “Нечуївська спеціальна школа” Вінницької обласної Ради в межах повноважень визначених законами та установчими документами закладу, здійснюють:

• Вінницька обласна Рада відповідно до чинного законодавства та Статуту.
• Безпосереднє управління спеціальною школою здійснює директор – Брюнеткіна Галина Григорівна.
• Основним постійно діючим колегіальним органом управління спеціальної школи є педагогічна рада.
• Вищим колегіальним органом громадського самоврядування спеціальної школи є загальні збори трудового колективу.
• Органи самоврядування здобувачів освіти – учнівське самоврядування.